前作『蒼天の艦隊』で、日本海軍連合艦隊は、アメリカ大陸西海岸に攻め込み、ルーズベルト大統領に白旗を掲げさせた。全権としてアメリカとの休戦条約に臨んだ山本五十六大将は、占領したウェーキ、ミッドウェイを米国に返還し、フィリピンも独立させるという甘い条件を提示し、早期の講和を図る。
　だが、この講和条約に反対した者たちがいた。日本陸軍の首脳陣である。彼らは日米戦の立て役者でもあった山本五十六大将の暗殺を目論む。山本大将が、弱腰の講和条件をまとめただけでなく、日独伊三国同盟にも反対しつづけていたからだ。
　山本大将は、再び連合艦隊司令長官に戻る。これならば暗殺の危険も減るからだ。が、その間に陸軍はドイツと呼応し、謀略によって日ソ中立条約を破棄し、満州と樺太からソ連領内への侵攻を開始する。昭和17年秋のことである。
　同時に海軍機動部隊は、インド洋のイギリス海軍勢力を一掃するため主力空母部隊が出撃。ここで日本海軍の零戦は、イギリス空軍の新型スピットファイアーの前に大苦戦する。
　空母「大和」「武蔵」「赤城」「加賀」は、航空隊を再編成するためトラック島に戻るが、搭乗員の一部は横須賀に空輸される。ここで新型戦闘機――三式艦上戦闘機「疾風」をテストするためであった。
　同じ頃、陸軍も冬将軍の訪れたシベリアで苦戦を強いられていた。航空作戦増強のために海軍基地航空隊が派遣されたが、彼らも冬将軍の前には苦汁を飲むほかなかったのだ。
　インド洋に残った日本海軍の空母部隊は、通商破壊活動に従事し、大量の戦車を積んだ輸送船を撃沈、撃破した。アメリカからイギリス軍の駐留するエジプトに送られる途中の最新鋭戦車Ｍ４シャーマンであった。この通商破壊活動によってモンゴメリー将軍ひきいるエジプトのイギリス軍は、リビアから攻め込むロンメル元帥麾下のドイツ・アフリカ軍団に圧されっぱなしとなる。中東のイギリス軍が降伏すれば、日本陸軍とドイツ軍が目論む「欧亜打通」の実現が近くなるはずであった。
　が、はたして、そう簡単にコトは進むのか……。
　そして、陸軍主導の作戦計画に乗ったかのようにふるまう山本五十六大将の真意は……？　混迷を増す世界情勢のなか、新型艦戦「疾風」を搭載した空母「大和」「武蔵」が、いま、再びインド洋に向けて出撃する。

　インド洋に出撃した日本海軍第一航空艦隊の空母群は、紅海の奥深く侵入し、シナイ半島に陣を構えるイギリス第八軍を攻撃。ロンメル元帥を助け、モンゴメリー大将を屈服させる。
　一方、シベリアに侵攻した日本陸軍を助け、満州から長距離爆撃を敢行していた日本海軍第十一航空艦隊は、真冬の悪天候に阻まれ、攻撃に支障をきたす。また、一式陸攻では攻撃の効率も悪く、第十一航空艦隊の大西参謀長は、連合艦隊司令長官の山本五十六大将に、大型爆撃機の開発と製造を直訴する。その求めに対し、山本五十六は、即座に答えを出した。日本海軍には、爆撃機としても使える四発の大型機が、すでに実戦配備されていたのだ。四発大型機は、凍結したバイカル湖を渡ってくるソ連軍の戦車部隊を攻めた。
　その頃、モンゴメリー軍を降伏させた第一航空艦隊の空母「大和」「武蔵」「赤城」「加賀」は、スエズ運河を抜けて地中海に入り、北アフリカのドイツ軍をサポートするため、イギリス領のマルタ島を攻める。四隻の空母から飛び立った「疾風」、九九式艦爆、九七式艦攻の前に立ちはだかったのは、アメリカ製の最新鋭戦闘機ノースアメリカンＰ‐51Ｂ「マスタング」とリパブリックＰ‐47Ｃ「サンダーボルト」だった……。

新世界秩序確立のため、山本五十六、乾坤一擲の大勝負！
　昭和18年３月、第一航空艦隊は傷ついた空母「大和」「赤城」「加賀」の応急修理をするため、エジプト・アレキサンドリアに寄港していた。修理の間、航空部隊はアルジェリア方面に展開するアメリカ陸軍航空隊を攻撃するため、リビアの首都・トリポリへ飛ぶ。だが、ここで待ちかまえていたのは、リパブリックＰ‐47Ｃ「サンダーボルト」。この頑丈な最新鋭機には、さすがの疾風も苦戦を余儀なくされる。一方、アメリカの新大統領となったマッカーサーは、対日太平洋戦争を再開させるべく、空母を太平洋に回航させるなど、着々と軍備拡張を進めていた。しかし、再び対米戦争に突入すれば、日本に勝機はない。憂慮した山本五十六は、途方もない一大作戦を発令した!!（カバーのコピーより）

ラバウルめぐり日米陸海軍航空隊激突！
　英本土爆撃を成功させた第一航空艦隊・山口多聞中将の元へ、ドイツ・アフリカ軍団のロンメル元帥が、ヒトラー暗殺という途方もない依頼を携えて訪れた。今次の大戦を終わらせるにはヒトラーを排除する以外にないと考えた山口中将は、麾下の航空隊に前代未聞の作戦を命じる。一方南太平洋では、連合艦隊主力が大西洋に出撃した隙をつくように、米軍がガダルカナル島に上陸。さらにラバウルへ一斉攻撃を仕掛けてくる。東西で激化する戦局に、はたして山本五十六は――。シリーズ完結編。（カバーのコピーより）